La órbita de Caronte está anclada gravitacionalmente con Plutón, de tal forma que ambos cuerpos presentan al otro el mismo hemisferio de forma constante. Los períodos rotacionales de Plutón y Caronte, y el período orbital de Caronte son de 6.387 días (6 días, 9 horas, 17 minutos).
La composición de la superficie de Caronte es diferente de la de Plutón. La luna parece estar cubierta con agua helada más que con nitrígeno. La densidad de Caronte varía entre 1.2 y 1.3 g/cm3, lo que indica que contiene poca cantidad de rocas. La densidad de Plutón varía entre 1.8 y 2.1 g/cm3. Las diferencias de densidad nos indican que Plutón y Caronte se crearon de forma independiente. Esto descarta la teoría de su formación como planeta doble.
La precisión del valor de la densidad de Caronte obtenida a partir de las información recibida por el telescopio espacial Hubble está siendo contrastada todavía por los observadores que utilizan telescopios terrestres. Algunos proponen la teoría de que Caronte se formó cuando un objeto planetesimal impactó hace tiempo con Plutón, de forma parecida a la idea propuesta para la formación de la Luna, el satélite de la Tierra. "El eje de Plutón o su rotación y la órbita de Caronte están muy inclinados, como cabría esperar de un impacto como ese".
Sin embargo, es posible que Caronte, la luna de Neptuno, Tritón y Plutón sean mundos congelados de la región más externa del sistema solar que no fueron capturados durante la formación de Urano y Neptuno o fueron proyectados fuera del sistema solar. Estos tres cuerpos parecen estar relacionados. Caronte y Tritón se podrían haber convertido en satélites y el más grande podría haberse convertido en Plutón.
Aunque todavía nos queda mucho por aprender, la observación de los eventos mutuos y otros estudios nos han facilitado nuevos datos que han mejorado enormemente nuestro conocimieto de Plutón, Caronte y el sistema solar exterior.